2016年，蔡英文当选总统后，“三中案”的调查工作被重新启动。此前，特侦组、地检署到高检署都已作出不起诉决定，可是等到2017年，检方再次介入调查。被指控侵占中影款项的蔡正元也因此被羁押两个月。这段时间里，检方不问是否侵占中影资金，却紧盯马英九是否贱卖党产。这让蔡正元感到背后有一只看不见的手在操纵他。 他甚至面临过妻子被羁押的威胁，好在最终因为证据不足而没有得逞。直到2018年起诉书出炉，蔡正元才发现其中一个字都没提到中影。最初抓他是因为中影案，可到最后却发现他和“三中案”毫无关联。其实这一切都是因为他不配合给马英九栽赃才变成了侵占阿波罗公司资产。 被押送到监狱之前的最后一次直播中，蔡正元表示自己就是被民进党拿来祭旗的对象。只要国民党没有掌权，台湾的司法现状就不会有改变。他强调天下不会永远是民进党的统治。 5人因“三中案”和侵占阿波罗公司资产在2021年一审判马英九等无罪时只有他被判了刑。检察官近期通知他到案发监执行了他的判决。今天在YT频道节目《蔡正元讲座》里他感性地向网友道别并预告会再回来。 就在这次网络直播中他还提到了柯文哲的情况。柯文哲被民进党视为叛徒并遭受到更严重的迫害。对于柯文哲3月26日被判重刑这件事他一点都不觉得意外。 蔡正元痛批司法系统已非公正正义所在。想要找到像教科书里描述的那样的法官难上加难，因为法官也有升迁需求而且容易受到政治影响和打压。从蔡英文开始就已经败坏了司法风气。 只要国民党不能执政台湾的司法环境就会继续沉沦下去这就是台湾现在面临的困境。不过他也表达了信心相信天下不会永远属于民进党政权“风萧萧兮淡水寒，老夫一去兮必再复返”。