加拿大阿尔克莱湖废弃的军营里，罗根在X教授的陪同下寻找恢复记忆的钥匙。大战虽然结束，魔形女瑞雯却没死，她化身议员潜伏着；被押送的万磁王甚至冷笑说，这破地方关不住他。窗外湖面平静无波，看似安宁，实则预示着更深的暗流即将涌动。故事至此戛然而止，却为《X战警》三部曲埋下所有伏笔——人类与变种人的对立远未结束，真正的较量才刚刚开始。 暴风女用生命破解了魔形女的陷阱，定位了万磁王的藏身之处。计划崩坏了，被改造的议员身体排异后化作水汽消失无踪。万磁王不得不加快进度，打算在元首峰会的小岛上启动大规模转化装置。为了这一天的到来，他掳走了玛丽——他要的不是罗根的钢爪，而是玛丽的“吞噬”能力。 警察包围了车站现场，万磁王随手操控金属武器反制人类：“任何非塑料武器，都是我的延伸。”X教授用心灵感应安抚警方，避免了一场屠杀。镭射眼眼罩被击碎能量波穿透楼房时，暴风女率队赶来营救玛丽，却遭遇了剑齿虎与癞蛤蟆。 另一边，失眠的玛丽闯入罗根卧室。金刚狼被惊醒后无意中伸出钢爪贯入爱人身体。玛丽本能地吸收了自愈因子伤口愈合了，但这也让两人的关系降至冰点。魔形女瑞雯潜入议会大厦抓走一名高官化作癞蛤蟆模样把他塞进改造舱赋予他超能力。 镜头回到酒吧，罗根的钢爪首次亮相。那个裹得严严实实的女子名叫玛丽能力是吞噬并复制他人异能两人正热恋却差点丧命。 他在X教授创办的异能学校苏醒这里收留“问题少年”孩子们拥有激光眼操控天气等超凡之力。 车行半途变种人突袭罗根被打晕了埃里克则把艾德曼合金植入体内让他拥有不死之身并显示他们曾并肩作战过。 X教授告诉罗根他和一位银发男子埃里克理念分道扬镳：X教授相信人类终会接纳变种人；埃里克却坚信人类必须被“净化”。 斯科特与奥萝洛对万磁王恨之入骨他们曾是战友却亲眼看着兄弟被枪决。 故事从一场议会辩论开始议员们坚持给所有变种人贴上“危险”标签理由是“方便识别保障普通人安全”可一旦标签落地变种人将彻底失去隐私暴乱只是时间问题投票结果一边倒——多数议员选择用恐惧代替对话。 这是变种人黎明前的最后一战——钢爪与磁暴的交锋。