在崇祯朝到永历朝的政权更迭中，马进忠的军事经历颇具代表性。他最初只统率偏师，却在明清易代的动荡里逐步坐大为一支自成体系的力量，其去留与取舍对西南抗清局势产生了实际影响。史料显示，1649年的湘潭战役是他军旅生涯的重要转折。面对济尔哈朗统率的清军主力，明军主将何腾蛟因防御体系瓦解而被俘；马进忠率残部突围至宝庆，但该战也暴露出南明军队协同作战能力的突出短板。此后数年在广西的作战中，他与李定国协同取得靖州大捷，又说明南明在局部战役上仍具备一定反击能力。1653年衡州战役的失利，则把更深层的问题推到台前。李定国原拟以诱敌深入取胜，但孙可望体系内的冯双礼部擅自撤退，牵连战局变化，马进忠也被迫放弃预设战场。这一过程折射出南明各军事集团之间的信任裂痕——将领既要承受清军压力，又不得不提防内部倾轧，整体战斗力因此被持续消耗。晚年的马进忠体现为更复杂的政治姿态。1657年孙可望大举进犯云南时，他不仅拒绝配合，还出兵追击；这种一面抗清、一面抵制内部吞并的选择，归根结底仍是以保存实力为先的军阀逻辑。《永历实录》等记载称，他在清军全面进攻西南前夕病逝，其部众随后降清，这一结局与不少南明将领的命运走向相近。研究者指出，“马进忠现象”并非偶然，而是晚明军事化社会在中央权威崩解后的一种结果：职业军人群体逐渐演化为地方武装集团，作战取向既受民族与政治立场牵引，也更受现实利益左右。这种两难并存，使南明始终难以形成稳定、有效且持久的统一战线。
历史并不缺少敢战之人，真正稀缺的是把分散力量整合为一体的制度与共识。马进忠的沉浮表明，国势危急时，个人的忠勇与判断固然关键，但若缺乏统一指挥、稳定供给与有效整合，战场上的一时胜负终究会被更大的结构性困境所吞没。这既是南明的注脚，也为后人理解治乱兴衰提供了一面值得反复观照的镜鉴。