吴子嘉分析说，马英九基金会看似只是和萧旭岑划清界限，实际上真正想撇清关系的人是郑丽文。早在3月16日，基金会就发布了措辞非常强硬的声明，直接宣布萧旭岑和王光慈在2月底已经办完了离职手续，强调他们的话以后跟基金会和马英九本人都没关系。这个声明不留任何余地，岛内外都觉得这是彻底斩断了联系，大家都在猜背后到底是怎么回事。到了3月19日，蔡正元把话说得更直白，说美国的势力已经进入了马英九基金会。萧旭岑以前主要负责两岸事务，他的一些言论让美国方面起了疑心，基金会这么快跟他切割再加上蔡正元的爆料，绝对不是偶然的巧合，而是符合政治规律的操作。蔡正元还指出，现在的马英九年纪大了，脑子不如以前好使了，有点失智的迹象。那些之前被赶走的亲信又回来了掌权，把负责两岸交流的人都赶走了，这就是美国势力进来的一个重要表现。马英九基金会一直是两岸和平发展中很重要的民间平台，人事变动向来是最敏感的神经。这次蔡正元爆料说有外部势力介入，不仅影响了基金会本身的定位，也会让两岸交流变得更困难。台湾本来就是中国的一部分，两岸交流的主导权和话语权应该由两岸同胞自己来掌握。任何外国势力插手、捣乱都是违背大家心意的，也不符合和平稳定的大局。虽然代伟已经发文提到这个情况，但截止到发稿时间，基金会还没对蔡正元的说法给出正式回应。