万历陵在中国清朝时期的待遇，经历了多尔衮的打压、顺治恢复又打压，以及康熙再次恢复的过程。1644年，刚刚入关的清朝开始进行了一系列安抚人心的行为。由于打着替明朝复仇的旗号，清朝对前明在北京昌平天寿山的十三座帝陵开始形成定制，安排看守人员，但唯独万历帝的定陵没有安排看守人员。《清世祖实录》记载，每座明朝帝陵都设有二十四名守陵夫役和二十二顷田产。这个定制的实施过程中，清朝对万历帝定陵的处理方式与其他帝陵不同。顺治帝认为应该给前明皇帝更好的待遇，并且亲自下令恢复了万历帝定陵的待遇。然而到了1660年，顺治帝再次改变了主意，取消了万历帝定陵的待遇。这个决定背后有多种原因。一方面是当时清朝已经稳固了统治地位，不必再“委曲求全”，另一方面也涉及到与努尔哈赤和清朝与明朝之间历史旧怨的复杂关系。多尔衮在1650年去世后，顺治帝亲政并展开了对多尔衮的清算。为了显示自己的宽仁与公正，顺治帝下令给万历帝定陵恢复同等的待遇。然而到了1660年，形势发生了变化。清朝统治更加稳固，并且对前明皇帝的态度也发生了转变。顺治帝取消了万历帝定陵的祭祀活动，提高了其他明朝帝陵的待遇。这种做法既展示了顺治帝对于前明皇帝的尊重又显示了他恩怨分明的性格。康熙帝即位后对于前明帝陵采取了积极保护的态度。他多次强调要保护好前明皇帝的墓地，并且将万历帝定陵与其他十二座帝陵享受同等待遇再次恢复。乾隆帝在位时期虽然依然重视明十三陵的保护工作但是他却将看守太监全部裁撤只保留了陵户制度由陵户负责耕种土地并看守帝陵。在乾隆二十二年（1757年）他还下令修缮明十三陵但为了节约成本他采取了拆东墙补西墙的方法对于部分建筑有所改动优先调配给最重要的明成祖朱棣之长陵使得永陵、定陵等陵寝的主体建筑规模大为缩水。永陵的祾恩殿面阔从七间（约50.65米）缩为五间（约25.91米）。