1646年，清军攻入湖南岳州新墙，何腾蛟的亲军惨遭重创，满大壮战死，龙见明被活捉。即便何腾蛟领导的军队赢过几次小仗，比如满大壮与覃裕春联手取得了几千人的战果，还因此得到了副总兵官的职位，但这些都无法改变大局。这支部队内部混乱不堪，将领们各自为战甚至互相排挤。何腾蛟与章旷等人率领的南明正规军表现得毫无纪律，且内部分裂严重，他所招揽的李自成品余部虽是精锐，也只能在压力下四散逃窜。到了1649年，清军大举南下时，南明将领们纷纷带头逃跑。清军攻占湘潭后进行了血腥屠城，何腾蛟因指挥失当被擒杀。尽管何腾蛟手下不乏能征善战之人，比如他收编的李自成余部在当时是最有战斗力的队伍，但由于其起义军的身份，他们在1646至1648年间多次被南明官员排挤。当长沙即将被攻克时，何腾蛟把李自成余部调走去打长沙，结果错失良机。忠贞营以及原属于左良玉部的将领们如马进忠、郝永忠等人也投靠了何腾蛟。这些军阀化的地方军队桀骜不驯难以驾驭。 曹志建曾在衡州战败后胁迫将领并屠杀了三千余人。这种内乱和战斗力的缺失彻底削弱了何腾蛟军的实力。由于南明正规军战斗力参差不齐且将领间勾心斗角难以承担抗清重任，熟悉南明历史的人都知道永历政权能维持近18年的原因在于获得了原张献忠余部的支持。孙可望、李定国、刘文秀等人带着近十万大西军精锐投靠明朝后完全接管了南明朝廷的政权。明昭宗永历皇帝朱有榔此时不过是抗清大旗的象征而已。从1652年开始大西军取代了明朝的正规军队而其他派系和归附的南明军阀成了辅佐力量。 这幅图描绘了清军进入湖南的艰难局面。清军的血腥屠城后的残酷景象在图中也有所展现。正是因为原先的起义军加入形成了强大的抗清力量南明朝廷才能坚持近20年之久。 孙可望被封王后整个南明的军事力量就已经完全由大西军取代了。 值得注意的是孙可望平定云南并投降明朝其实是把起义军纳入了明朝政府体系。 所以南明的抗清运动能继续16年不仅是政治名义上的投降更是起义军真正接管了整个南明的军事系统。